玉树州有六县。玉树藏族自治州辖玉树市、称多县、囊谦县、杂多县、治多县、曲麻莱县六市县，11个镇34个乡，258个村委会，州人民政府驻地玉树市。玉树藏族自治州是青海省辖自治州，藏语意为“遗址”，是青海省第一个、中国第二个成立的少数民族自治州。