三羧酸循环在线粒体基质中进行，因为在这个循环中几个主要的中间代谢物是含有三个羧基的有机酸，所以叫做三羧酸循环，它是需氧生物体内普遍存在的代谢途径。由于器中第一个生成物是柠檬酸，因此又称为柠檬酸循环。或者以发现者HansKrebs命名为Krebs循环。反应过程的酶，除了琥珀酸脱氢酶是定位于线粒体内膜外，其余均位于线粒体基质中。