在深圳有基地的公司有：

1、深圳航空公司：该公司领域为商业航空。

2、东海航空公司：该公司领域为货运和公务航空。

3、顺丰航空公司：该公司领域为货运。

4、翡翠航空公司：该公司领域为货运。

5、中国南方航空公司：该公司领域为货运和商业航空。