南京购房证明办理流程是：

1、准备好相关材料。购房者应准备好身份证和户口薄等有关的材料，前往房子所在的房管部分办理手续，非本地户籍需开具近三年内累计两年以上南京社保缴费明细（补缴无效）或者近三年内累计两年以上南京个人所得税交税证明。

2、提交申请表。购房者抵达房管部门以后，需到查询窗口收取《开具新购住宅证明申请表》，而且认真填写申请表上的有关内容，填写完毕后将申请表和材料递交给有关工作人员。

3、核实信息。工作人员会将购房者的申请信息输入到系统中，而且核实信息的实在性，如没有其它问题，便可确定。

4、开具证明。经工作人员审阅，假如购房者的有关信息无误，而且契合相应的条件，工作人员便会给购房者开具购房证明。