巴拉那河上游河水流速随河道的宽窄变化而变化，在瓜伊拉瀑布以上，流速较慢；而在瀑布下游的峡谷河段，流速则急剧增大。狭窄河段以下至阿根廷的波萨达斯一段，流速逐渐减小，但在其下游河段，由于有一连串急流、险滩，流速又增大。科连特斯以下，流速又变慢，直到拉普拉塔河，平均流速稳定在1、12米/秒左右。

巴拉那河河口流量17700立方米/秒，年径流总量约5582亿立方米，实测最大流量64987、5立方米/秒(1905年)，最小流量2446、6立方米/秒(1945年)，丰水期平均流量为44956立方米/秒，枯水期平均流量为6192、9立方米/秒。上游支流巴拉圭河的径流量占巴拉那河总径流量的25%。