账务处理系统的主要功能有账套建立及账套基本信息设置、会计科目设置、期初余额设置、凭证制作 ( 含凭证的录入、审核、查询 )、凭证记账 ( 过账 )、账薄查询及打印 ( 包含各种样式的明细账、日记账、往来账 )、期末结账等内容。

有的账务处理系统还有出纳现金及支票管理、银行对账及应收应付往来账管理及数量、外币、部门、项目及预算等各种辅助核算的功能。