原因如下：

1、早期佛教在一些根本的问题上教义不彻底；

2、早期佛教的修行方式造成憎侣成为印度社会的负担，进而失去存在的基础，佛教的创始人释迦牟尼坚决反对僧侣从事生产活动,认为生产活动是修行的大敌，因此憎侣在印度的生存方式只能靠乞讨，但大量的僧侣存在而又不从事生产，必然形成社会的负担；

3、佛教领袖自释迦牟尼佛逝世后，后继无人，佛教的整个宗教体系并不完整，存在很大的缺陷，佛教内部混乱，缺乏领军人物，这也是造成佛教在印度无力抵御印度教替代佛教的一个根本原因。