1、储存难度大。氢气的存储需要高压，对于密封的要求很高，不能泄漏，万一泄漏很容易爆炸。

2、制备成本高。相对于石油，氢气的制取成本要高很多。

3、使用时较为危险。由于氢气燃烧或使用时，容易发生爆炸现象。

4、氢气的化学性质很活泼。氢气在空气中到达一定浓度时遇明火会爆炸。

5、科技水平不高。人类目前科学水平而言还不能很好地控制氢气，只是通过降温为液氢的手段运用于航天事业。