北京南站进站口在地上二层的东西两侧。

北京南站共有5层，依次为：高架候车厅、站台轨道层、换乘大厅、地铁4号线和地铁14号线站台。地上2层，地下3层，站台位于地面层。高架候车层在地上二层，中央为独立的候车室，四个角设有售票办公楼，东西两侧是进站大厅，自北向南依次为各候车区。

它可容纳1.05万人同时候车。车站共设置了84台窗口售票机和39台自动售票机。检票进站全部由自动验票系统控制。

北京南站的主站房以天坛鸟瞰效果为基本形状，整个建筑外形呈扇贝状，其最高点标高40米。

地面层为铁路站台层，共设13个站台，24股道，地下一层为整个车站的换乘空间，面积119940平方米，在这一层，旅客可以自由选择地铁、公交、社会车辆出站。地下二层为地铁4号线。地下三层为地铁14号线。