色谱分离基于各组分在两相之间平衡分配的差异。

以吸附色谱为例：

吸附到解吸到再吸附到再解吸到反复多次洗脱到被测组分分配系数不同到差速迁移到分离分配系数的微小差异到吸附能力的微小差异微小差异积累到较大差异到吸附能力弱的组分先流出；吸附能力强的组分后流出。

色谱过程的本质是待分离物质分子在固定相和流动相之间分配平衡的过程，不同的物质在两相之间的分配会不同，这使其随流动相运动速度各不相同，随着流动相的运动，混合物中的不同组分在固定相上相互分离。