万历十四年，海瑞听闻黄光升去世，悲伤至极，带病前去晋江奔丧。万历十五年十月十四日，海瑞病故于南京任上。他没有儿子，所以去世后，佥都御史王用汲去主持海瑞的丧事，看见海瑞住处用葛布制成的帏帐和破烂的竹器，有些是连贫寒的文人也不愿使用的，因而禁不住为之悲泣不已，凑钱为海瑞办理丧事。海瑞的死讯传出，南京的百姓因此罢市。海瑞的灵枢用船运回家乡时，穿着白衣戴着白帽的人站满了两岸，祭奠哭拜的人百里不绝。朝廷追赠海瑞太子太保，谥号忠介。