日本留学签证丢失补办方法如下：

1、首先通知移民局护照及签证丢失，再通知学校延期开学日期；

2、向当地所在丢失区域派出所报案，并索取报案证明；

3、在当地市级以上出入境管理处指定的报纸登报丢失声明；

4、携带本人身份证及户口本去当地出入境管理处办理补办护照手续，办理手续规定周期为3个月；

5、取得护照后，与使馆取得联系，将报案证明和报纸登报丢失声明复印件递交使馆负责人，办理补贴签证手续。