采用激光铲除的方法。一般情况下，扁平疣的生长是在表皮下面的，而激光只能铲除表面扁平疣颗粒，而皮下病毒没有铲除，所以不可能起到根本的治疗作用，即使当时铲除了，往往过了几个月扁平疣还会重新发出来。

口服中药。由于从口服到内脏吸收到达皮肤，药力损耗大，这种口服中药运用扶正祛邪的原理，其效果一般都不是特别理想的，这主要就是其不是直接杀灭病毒所致，并且要长期连续服用几十天，一般人很难坚持。

注射激素转移因子。西医治疗扁平疣主要注射转移因子等激素来提高人体免疫功能，而西医治疗扁平疣的方式属于间接性治疗，所以治愈率也很低，特别是对一些年龄偏高的人。