局部治疗主要目的是消除口腔炎症、减小对疼痛的感觉，从而促进溃疡的愈合。局部治疗的方法适用于一些重型的溃疡病。可以用醋酸泼尼龙混悬液和其他药物进行配合然后注射到发生溃疡的下部组织里面，需要每周2次左右，这样会促进溃疡疾病的愈合。在临床上还可以用激光进行治疗用氦氖激光照射，它是让发生溃疡部位的炎症反应能力下降，从而促进伤口的愈合。

在临床上用免疫抑制剂治疗口腔溃疡同样有效。但是这必须是在经检查确定为自身免疫性的疾病之后才能使用，常用的治疗口腔溃疡的药物有泼尼松。但是为了防止感染会发生扩散，所以在治疗的过程应该添加抗生素治疗。如果严重的话可以给与地塞米松进行治疗。但是对于患有胃溃疡的患者应该禁止使用。

在临床上同样可以用免疫调节剂对口腔溃疡的患者进行治疗。左旋咪唑是作用于需要增强细胞的免疫作用患者。而丙种球蛋白药物只是适用于体液免疫功能减退的患者者。不宜长期使用。一些维生素类的药物可维持细胞正常的代谢功能，促进溃疡伤口的愈合。常用的维生素类药物为维生素c。