在香菇整个生产过程中，主要包括两个阶段，第一阶段是培养菌种，第二阶段是用培养好的菌种进行栽培。

菌种制作可分为三个步骤：

第一是培养母种，亦称一级种或试管种，用孢子分离、组织分离或基质内菌丝分离等方法都可获得母种。

第二是培养原种，亦称二级种，利用母种的菌丝体接入木屑或谷粒等培养基中，扩大繁殖培养成原种。

第三是培养栽培种，亦称三级种或生产种，利用原种的菌丝体，再扩大繁殖1次，即制成栽培种，它可直接投入生产。这样经过母种—原种—栽培种的不断扩大繁殖后，食用菌菌丝体的数量得到大量的增加。