秦朝的中央行政机关实行三公九卿制。皇帝之下设三公，三公为：

1、丞相，承受皇帝之命，辅助皇帝掌管天下的行政的官；

2、太尉，掌管军事的最高官吏；

3、御史大夫，主要管理记事，其地位相当于副丞相，主要职责是管理图籍、奏章，监察文武百官。御史大夫下设御史中丞，掌管图书秘籍，同时监察文武官吏；侍御史，掌管文书；监御史，中央派到地方各郡负责监督郡守的御史。

三公之下设九卿，作为中央行政机关分掌具体行政事务，如祭祀、礼仪、军事、行政、司法、文化教育等。包括：

1、奉常，掌管宗庙礼仪，地位很高，属九卿之首；

2、郎中令，掌管宫殿警卫；

3、卫尉，掌管宫门警卫；

4、太仆，掌管宫廷御马和国家马政；

5、廷尉，掌管司法审判；

6、典客，掌管外交和民族事务；

7、宗正，掌管皇族、宗室事务；

8、治粟内史，掌管租税钱谷和财政收支；

9、少府，掌管专供皇室需用的山海池泽之税。