第一、由于统治者改变考试内容使科举成为束缚知识分子思想的枷锁，明太祖将源于元朝的八股文体正式定为科举考试文体。由于考八股文，压抑了那些本来不擅长科举科目的人的思想，也使一些知识分子，无法在学术上、思想上进行创新。从而导致了思想上的落后，使科学技术的发展也停滞不前；

第二、科举制度也产生了家庭悲剧。由于科举制度及第者享有丰富的优待的荣誉，而且科举也是普通人出头的重要途径，因此经常会有贫士高中之后抛妻弃子的悲剧发生，

第三、科举制度导致官场腐败。科举制度随着历史车轮的推进，出现了科举制度的政治化，天地君亲师的教育又造成了师门关系的盛行，这样造成了严重的师门裙带关系现象。这些师门关系在官场中互相拉帮结派，并且官官相护，这就不利于国家建设一个公正公平公开的社会良好制度。造成了官场的黑暗和社会的混乱。