水质的好坏，直接关系到豆腐脑的质量。

制作豆腐脑一般的以软水为宜，深井水，溪水，海水，矿泉水等都会影响到豆腐脑的出品率和质量。被污染的水禁止使用做豆腐脑。选择合适的水，可以用试纸进行测试，可选择使用ph值在5和6之间可产生酸碱反应的水。

另外，虽说制作豆腐脑与水质有关系，但豆腐做的好坏，不光水的问题，与大豆的质量、磨的粗细程度、煮的过程以及后期添加的卤水都有关系。