1、起源不同：行省制起源于元朝，明清两朝得到发展。郡县制起源于春秋战国，几乎盛行整个封建时代。

2、制度内容不同：行省制在中央设中书省，地方设行中书省，简称“行省”。郡县制是中央政府辖下的地方行政单位，其组织机构与中央政府略同，设郡守、郡尉、郡监（监御史）。

3、作用不同：行省制加强了中央集权，巩固了多民族国家的统一（设立数目有限的行省，代替中书省对其力所不及的地区进行管理，中央再从大局上对诸行省实施节制，提纲挈领，纲举目张，有效加强了中央的集中管理）；行省制度的创立是中国古代地方行政制度的重大改革，是中国省制的开端。郡县制使君主有效地加强了中央集权，有利于政治的安定和经济的发展；使各诸侯国形成了中央、郡、乡一套比较系统的行政机构，对地主阶级实行集权统治起了重要的作用。