《名侦探柯南》人鱼失踪记故事内容为：

平次收到一个委托，于是邀请小五郎和柯南等人共同乘船前去美国岛。美国岛是一座有着人鱼传说的小岛，事件起因是平次收到有一封写着会被人鱼杀死救救我的信。他们到了岛上之后去找送信人门协纱织，但她已经不知去向。

岛上举行一年一度的儒艮之祭。在祭祀上，和叶、寿美、沙织的父亲抽中了可以带来美貌与长寿的儒艮之箭。祭奠开始后，寿美被发现在瀑布上吊身亡。

柯南开始进行推理，凶手就是可以事先知道谁得到儒艮之箭的人命样。而130岁的命样本身就是由惠君靠化妆术假扮的。仓库中的尸体并不是惠君，而是纱织。当时沙织得了牙病，惠君借给纱织自己的保险卡，因此纱织的牙病记录就会变成惠君的。而森林中的疑似沙织的人影也是由惠君装扮的。

岛上的居民其实知道命样是由慧君和她的母亲装扮的，为了不辜负惠君的努力，也为了让祭祀能一年年办下去，让长生的梦延续，便不曾告诉惠君真相。