灵芝没有副作用，也从来没有接到过这方面的报告。中国最早的药学书「神农本草经」将灵芝列为「上药」。所谓「上药」与一般药物不同，完全没有副作用，可以每日放心服用。

灵芝虽然很少出现副作用，但灵芝有服用禁忌，就是低血压人群不宜服用，因为灵芝有降血压的作用，低血压人群服用可能会有不良反应。

尤其是有些人会对灵芝注射液有过敏反应，一般注射20～30分钟后，轻者有荨麻疹、心慌气短、胸闷、腹痛、胃痛、呕吐、喉头水肿，重者出现过敏性休克或过敏性脑炎。