房产代持协议是有效的，根据《中华人民共和国合同法》第四百零四条的规定：托人处理委托事务取得的财产，应当转交给委托人。因房屋代持人只是实际购房人的受委托人，所以基于受委托关系而取得的房屋所有权应归委托人即实际购房人享有，实际购房人有权根据协议约定要求代持人履行相关义务。

在司法实践中，一般也认可房屋代持协议的效力。如《北京市高级人民法院关于审理房屋买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的指导意见（试行）》第十五条规定：“当事人约定一方以他人名义购买房屋，并将房屋登记在他人名下，借名人实际享有房屋权益，借名人依据合同约定要求登记人（出名人）办理房屋所有权转移登记的，可予支持。”

在协议中应把双方的地位以及权利义务约定清楚，特别要约定好房屋权属的归属及产权过户的时间及代持人违约责任、承担责任方式、计算标准，并避免出现措辞不清、语焉不详的情形。