原因之一：尿道损伤。在平时对尿道部位进行检查的时候，有的人会因为医师操作尿道检查器械的方式不当，而引起尿道黏膜擦伤，可破坏尿道黏膜防御功能，导致细菌感染。

原因之二：尿道内异物。自外界放入的异物或尿道内结石等，停顿稍久即可导致尿道感染，

原因之三：尿道梗阻。如包皮口狭窄，尿道外口狭窄，尿道狭窄，后尿道瓣膜，尿道肿瘤，女性处女膜伞，尿道口处女膜融合等，因排尿不畅，尿液积存于尿道内可继发尿道感染。