努尔哈赤的死因，史学界一直众说纷纭，而争论的焦点主要集中在，他是被袁崇焕的炮火所伤，郁愤而死，还是因为身患毒疽，不治身亡。

病死说：

出自《清史稿》，据记载，在天命十一年七秋七月“上不豫”，至“八月丙午，上大渐，乘舟回。庚戌，至爱鸡堡，上崩”。

重伤致死：

出自朝鲜人李星龄所著的《春坡堂日月录》，朝鲜译官韩瑗随使团来明时，碰巧与袁崇焕相见，宁远之战时曾把他带在身边，于是韩瑗得以亲眼目击这次战役的全过程。宁远战事结束后，袁崇焕曾派遣使臣带着礼物前往后金营寨向努尔哈赤“致歉”，说“老将横行天下久矣，今日见败于小子，岂其数耶！”。努尔哈赤“先已重伤”，这时备好礼物和名马回谢，请求约定再战的日期，最后终于“因懑恚而毙”。

这条史料明确记载努尔哈赤是在宁远之战中受了“重伤”，并由于宁远兵败，精神上也受到很大的创伤，整日悒悒不自得。在肉体和精神受到双重创伤的情况下，这位沙场老将终于郁郁而终。