鱼缸硝化系统有暴菌的原因如下：

1、鱼缸硝化系统是以生物滤材做为载体培养硝化菌的水循环过滤系统，是一个培养硝化菌的平台，生物滤材给暴菌提供栖息繁殖的场所，故鱼缸硝化系统有暴菌。

2、鱼缸硝化系统有水循环，为暴菌提供氧气和食物，最终目的是培养硝化菌来清除水中的毒素，硝化系统是由水泵、生物滤材和暴菌三大要素构成。