购买的苗木如果是种植者直接开具的免税增值税普通发票是可以抵扣的

《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条第三款规定，购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和13%的扣除率计算的进项税额。进项税额计算公式：进项税额=买价×扣除率

财税[2012]75号财政部、国家税务总局《关于免征部分鲜活肉蛋产品流通环节增值税政策的通知》第三条规定，《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条所列准予从销项税额中扣除的进项税额的第(三)项所称的“销售发票”，是指小规模纳税人销售农产品依照3%征收率按简易办法计算缴纳增值税而自行开具或委托税务机关代开的普通发票；批发、零售纳税人享受免税政策后开具的普通发票不得作为计算抵扣进项税额的凭证。