不同点：三权分立由三种国家机关共同掌握国家大权，而三省六部制由三个省、六个部门，共二十四司共同执政。

相同点：目的都是为了防止一人独权专政，由众多机构共同执政，互相制约。

三权分立，是西方一种关于国家政权架构和权力资源配置的政治学说，主张立法、行政和司法三种国家权力分别由不同机关掌握，各自独立行使、相互制约制衡。

三省六部制，是中国古代封建社会一套组织严密的中央官制。它初创于隋朝，完善于唐朝，此后一直到清末，六部制基本沿袭未改。三省指中书省、门下省、尚书省，六部指尚书省下属的吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部。每部各辖四司，共为二十四司。