无菌水和蒸馏水的区别是：蒸馏水是通过蒸馏冷凝制得的水所以里面的无机盐会含的很少。如果只是经过一次蒸馏得到的水里面虽然那些不挥发的成分（盐类）被除去，但水中挥发的成分（氨、二氧化碳、有机物）还是会进入蒸馏水中。

无菌水则通常是通过高温蒸汽法，UHT热法，化学法，臭氧方法和物理过滤法将水中微生物杀专死或过滤掉而得到属的水，水中的无机盐等一般来说不会减少。