北极虾会黑头的原因是虾胃破裂，“黑头”就是深海中的浮游动物，北极虾是用大型拖网从深海中直接捕捞的，由于大气压力的快速变化，容易造成虾头（胃部）破裂，内部的浮游动物也随之扩散开来。

北极虾的胃长在头部，加上它透明的外壳，虾吃进去的黑色或褐色的浮游生物或藻类就随之扩散开来，看起来头部发黑。产卵期的雌性北极虾有时候卵巢会存在成熟的虾籽，头部也会隐约出现深绿色。这些都可能是北极虾出现“黑头”的原因。