蛋白质与DNA的关系主要有：

1、DNA指导蛋白质的合成，DNA可以通过转录和翻译过程来控制蛋白质的合成。

2、在真核生物细胞核中，DNA和蛋白质共同构成了染色体（或染色质）；

3、DNA的复制、表达等过程需要蛋白质的参与。