公元5世纪中叶，先是嚈哒人茁壮地成长，称霸于西域各国，他们暴风疾雨般地占领了塔里木盆地的许多地方，龟兹自然难逃一劫。这个民族不信佛法，多事外神，杀生血食。这是一次恐怖的洗劫，也是一场致命的打击。虽然这个暴戾的民族在短暂的崛起后又迅速地消逝，但是他们的洗劫已经在预示龟兹佛教文化的结束。公元7世纪，吐蕃又入侵西域，安西四镇（于阗、疏勒、龟兹、焉耆）全部陷落。