农村征地补偿纠纷的主要原因有：

1、农村土地征收补偿费用的性质和归属法律规定不明确；

2、国家农村土地征收补偿标准不合理；

3、补偿程序不完善，司法救济难到位。

【法律依据】

《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十六条，房屋征收部门与被征收人在征收补偿方案确定的签约期限内达不成补偿协议，或者被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照本条例的规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。