耳根疼可能是耳道炎导致的，急性的化脓性中耳炎或者分泌中耳炎，直接压迫对疼痛敏感的鼓膜会产生剧烈的疼痛。

外耳道炎外耳道疖肿也会放射到耳根导致疼痛，耳周的神经痛比如耳疱疹会造成耳朵周围疼痛，损伤到面神经还会造成面瘫。

耳后淋巴结炎，一般是因鼻咽部或者咽喉部的炎症引起，会有肿大的淋巴结。耳后的皮脂腺囊肿发生感染形成脓肿也会疼痛。