公房转让协议无效，因为公房使用权能否进入市场流转以及如何交易问题，是随着城镇住房改革不断深化和展开产生的一个现实问题。《城市公有房屋管理规定》明确禁止自由转租和买卖公房使用权，现在允许公有住房公开有偿转让必然和该规定相冲突。

公房使用权是一种他物权；属用益物权、从其法律特征上看，是允许转让的。而且，转让的是房屋的使用权，并未对产权人的产权造成任何侵害；按照合同法规定，当事人之间订立的合同，只要不属于《中华人民共和国合同法》第五十二条规定的法定无效情形，不违反法律法规禁止性规定，就应为有效合同，受法律保护。最高人民法院关于属于《中华人民共和国合同法》若干问题的解释（一）规定合同法实施以后，人民法院确认合同无效；应当以全国人大及其常委会制定的法律和国务院制定的行政法规为依据，不得以地方性法规，行政规章为依据。建设部《城市公有房屋管理规定》显然不属于法院认定合同效力的依据。