细菌细胞壁的肽聚糖不属于蛋白质，也不是多糖，可以算结合糖。

肽聚糖存在于真细菌中的革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌的细胞壁中。是由乙酰氨基葡萄糖、乙酰胞壁酸与四到五个氨基酸短肽聚合而成的多层网状大分子结构。

从每个N－乙酰胞壁酸引出一条寡肽链，与相邻多糖链上的N－乙酰胞壁酸相连，使两条平行的糖链横向相连构成网络，这样构成了一层肽聚糖。

由G和M组成的二糖以及联在M上的四肽是肽聚糖的基本结构单位。聚糖链的长度亦因菌种而异，短到9个二糖单位，长到170多个二糖单位；1个二糖单位长10．3埃，所以总长度可从100埃到1700埃左右。各个四肽链之间有交联。在革兰氏阴性菌，多半是两条肽聚糖的肽链直接交联，交联的肽链占肽链总数的50％。