两种念法都可以，重要的在于心诚，诚恳的皈依三宝，行于佛之正法，没有不获益处的。

佛家的法门有八万四千个，通向成功的道路有无数条，学佛要摒弃狭隘的门户之见，平等的看待一切法门、宗派，它们只是方法上的不同，而目标却是相同的。药师法门是殊胜的修行法门，以诚敬之心去修行、实践，必获益处。你可以阅读一下南怀瑾先生的著作《药师经的济世观》，一定对你会有帮助的。