清朝定都北京后，撤消皇城内诸内廷供奉衙署，将西苑大片土地改为民居，同时在北海、中海、南海三海周围设置“内红墙”，御苑范围退缩至内红墙之内。

相对政治象征的紫禁城，清帝更喜园居，顺治、康熙、乾隆诸帝均在中南海内兴建殿宇馆轩，作为避暑听政之所。同治、光绪年间，慈禧太后及皇帝按礼制在十二月从颐和园移居紫禁城时，也多在中南海内居住，仅行礼时前往紫禁城。戊戌变法失败后，慈禧太后曾将光绪帝囚禁于南海中的瀛台。

1900年义和团运动时期，八国联军入侵北京，中南海成为俄军驻地，苑内文物陈设被掠一空，八国联军总司令瓦德西占领北京后，居住于中南海仪鸾殿。溥仪即位后，曾在中海西岸集灵囿修建摄政王府。