进口增值税在网上申抵扣的方法：

1、当月在通用税务数据采集软件中，采集海关增值税缴款书的数据。

2、下月初再到增值税纳税申报海关进口增值税专用缴款书行次中，填写海关增值税缴款书的份数、金额、税额，再导入采集的电子数据到附件中， 就能抵扣销项税了。

进口增值税，是指进口环节征缴的增值税，属于流转税的一种，不同于一般增值税对在生产、批发、零售等环节的增值额为征税对象，进口增值税是专门对进口环节的增值额进行征税的一种增值税。

抵扣在国内一般意义上是增值税抵扣，增值税抵扣是指应交的税费，为销项税与进项税的差值。