夏商属梁州地，周属巴子国，秦属巴郡朐忍县。东汉建安二十一年刘备分朐忍地置羊渠县，治城今长滩，为万州建县之始。蜀汉建兴八年，治城迁至今万州区南岸。西魏废帝二年，改南浦为鱼泉县，徙治江北。北周时期先改鱼泉县为安乡县，后又改万川县，与南州和万川郡同治。隋开皇十年，废万州郡，改万川县为南浦县，与南州同治。炀帝大业三年，省南州、南浦县归属巴东郡。

唐武德二年置南浦郡，领梁山、南浦、武宁3县；武德八年改南浦郡为浦州。贞观八年改浦州为万州，天宝元年改万州为南浦郡，乾元元年恢复万州，仍与南浦县同治。元世祖至元二十年，省南浦县入万州，领武宁一县。明洪武四年，并武宁县入万州，六年降万州为万县。民国二十四年设万县专区。