明代妖书案是晚明一桩疑案，发生于万历三十一年即1603年，是一场由于国本之争引起的东林党争事件。这一案件没有解决﹐却充分暴露出明末朝廷中党争的激烈。第二次妖书案与伪楚王案、劫杠案共称“楚宗之乱”或“楚宗之争”。

妖书案以皦生光受冤而死结案,，方面暂时结束了人人自危的混乱局面,，一方面也使门户之争愈演愈烈，党争在此后很长时间内成为明代政治的一大顽疾。