南京在明朝初期一般还是叫金陵，那时候没有统一全国，后来明朝全国统一，把北元驱逐，朱元璋先是封开封为北京，金陵为南京，凤阳为中都，后定顶金陵，改名京师。皇太子朱标早年死了，他儿子皇太孙朱允文被朱元璋制定为继承人，朱元璋一死，朱允文开始削藩，燕王朱棣谋反，然太监告密京师空虚，朱棣趁机从北平打到京师，京师金川门守将是谷王朱炆与李景隆开门投降，京师陷落，宫中大火，皇后自焚而死，皇帝朱允文带着3岁太子跑出京城，从此下落不明，次子被朱棣囚禁于凤阳40年，朱棣灭功臣十族，上万人被清洗，他在京师做了16年皇帝，觉得心不安，迁都北平，把北平改名北京，京师改名南京，视为留都，保留六部。明一代，南京的名称变迁是金陵-南京-京师-南京。清代的名称是南京-江宁。