《扫毒2》是《扫毒1》的第二部作品，但是从内容上看并没有连续性，可以看做是单独的两部作品，但是两部作品都是讲述缉毒警察的故事。《扫毒1》讲述是三个从小玩到大的兄弟苏建秋、马昊天、张子伟，一同效力毒品调查科，苏建秋卧底身份在与泰国警方合作时，不慎暴露，在后来围剿行动中，警方人员几乎全部被消灭。

马昊天挟持大毒枭八面佛女儿缅娜而逃出包围，但是八面佛与马昊天作出交换，只要他放回缅娜，他就放走苏建秋与张子伟中一人，但是另外一人就会被丢进鳄鱼池。马昊天几经犹豫选择救出苏建秋，也正是因为这个选择，兄弟三人之间的感情出现问题。三人的身份也发生变化，张子伟成为“毒贩”，马昊天成为阶下囚，为了救出马昊天，苏建秋成为了“劫狱犯”。但是兄弟三人本心并未改变。

《扫毒2》则讲述的是地藏与墨西哥两地毒枭黑吃黑，引发香港毒品市场混乱的故事。几场林正风为保护香港安全而四处奔波，妻子与同事接连死于毒贩之手，让他立誓要讲毒贩一网打尽。另一边，父亲、儿子接连死于毒品荼毒的金融巨子余顺天，明面上作为慈善家帮助他人，发布天价通缉令追杀毒贩，实际上背地里与毒贩有着隐秘的关系，干着黑吃黑的勾当。后来，他的好兄弟地藏贩毒之后，他便与地藏开始你死我活的较量。