公司注销时分公司与母公司往来款项的处理，如果分公司注销税务登记前,账上存在大量与总公司的往来,应该通过账务处理相互抵销,没有余额。

根据《企业所得税法》及相关规定,企业注销时确实无法偿付应付款项在清算时需要计入收入征税。