漠河县位于黑龙江省西北部祖国的最北端，居中苏界河黑龙江之滨，是全国纬度最高的县份。区域版图位于区九大山系之一的大兴安岭山脉的北坡，黑龙江上游南岸。地理坐标为东经121度07分至124度20分，北纬52度10分至53度33分。

漠河县东与塔河县接壤，西和内蒙古自治区呼伦贝尔盟的额尔古纳右旗为邻，南以内蒙古自治区呼伦贝尔盟的额尔古纳左旗和大兴安岭地区所属的呼中区一部分交界，北隔黑龙江与苏联的赤塔、阿穆尔两洲相望。