科研纵向和横向主要的区别是所表示的对象不同，内容也不同，横向课题是指企业的课题，而纵向课题是指有各级政府指定的科研行政单位代表政府立项的课题。纵向课题包括国家级课题，一般指国家科学技术部、国家发展和改革委员会、国家财政部、国家自然科学基金委员会、国家社会科学基金委员会下达的项目。