南瓜苗不可以做嫁接番茄的砧木，因为它们不是一个科的蔬菜。不能亲和。

一、常用的番茄嫁接砧木砧木品种：

1、板砧2号：根系发达，对根结线虫免疫。叶色浓绿，长势极强，与番茄各栽培品种嫁接亲和性极好，嫁接后番茄综合抗性强，可作为茬口番茄栽培嫁接砧木。

2、托鲁巴姆：属野生茄子类砧木品种，根系发达，对根结线虫、青枯病免疫。叶色浓绿，长势极强，与番茄各栽培品种嫁接亲和性极好，嫁接后番茄综合抗性强，可作为各茬口番茄栽培嫁接砧木。

3、曼陀罗：属野生茄科类植物，根系发达，对根结线虫免疫。叶色浓绿，长势极强，与番茄各栽培品种嫁接亲和性极好，嫁接后番茄综合抗性强，可作为各茬口番茄栽培嫁接砧木。

二、番茄嫁接的好处：

1、提高土壤肥水利用率：嫁接番茄能够利用番茄砧木根系发达、吸收能力强的特点，提高土壤肥水的利用率，提高肥效，降低施肥量。

2、提高番茄的抗寒能力和抗土壤高湿的能力。