食品安全管理制度是由卫生局设立的制度。规定食品卫生管理制度和岗位卫生责任制管理措施;食品经营场所卫生设施改善的规划。组织食品从业人员进行食品安全有关法规和知识的培训;健康管理制度;执行食品安全标准等。

《食品安全法》第二十七条规定，食品安全国家标准由国务院卫生行政部门会同国务院食品安全监督管理部门制定、公布，国务院标准化行政部门提供国家标准编号。食品中农药残留、兽药残留的限量规定及其检验方法与规程由国务院卫生行政部门、国务院农业行政部门会同国务院食品安全监督管理部门制定。屠宰畜、禽的检验规程由国务院农业行政部门会同国务院卫生行政部门制定。