方法一：瘘管切开术是将瘘管全部切开开放，靠肉芽组织生长使伤口愈合的方法。适用于低位肛瘘，因瘘管在外括约肌深部以下。切刀开后只损伤外括约肌皮下部和浅部，这个手术做完以后还是能保持正常的自我排便的。

方法二：挂线疗法是利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘的方法。适用于距肛门3—5cm内，有内外口低位或高位单纯性肛瘘，或作为复杂性肛瘘切开、切除的辅助治疗。

方法三：肛瘘切除术切开瘘管并将瘘管壁全部切除至健康组织，创面不予缝合；若创面较大，可部分缝合，部分敞开，填入油纱布，使创面由底向外生长至愈合。这个方法是很简单的，适合比较轻微的肛瘘患者。