孙中山对太平天国的评价在赞扬的同时，也尖锐地指出其不足。太平天国“只以驱除鞋虏自任，此外无所转移”。1912年4月，孙于辞去临时大总统之职后在同盟会会员饯别会上又说:“太平天国即纯为民族革命的代表，但只是民族革命，革命后仍不免为专制，此等革命，不能算成功。”孙于此时断言太平天国之革命“不能算成功”，是哀其古人，亦痛辛亥革命后“仍不免为专制”之今也。他认为，太平天国“不懂外交”、“不北伐”、“读书人不赞成”、“大家想做皇帝”，是太平天国失败的重要原因，“他们一班人到了南京之后就互争皇帝、闭起城来自相残杀”，则是失败的“最大的原因”。

蒋介石:“往者，洪杨之先民，崛起东南，以抗满清，虽志业未竟而败亡，而其民族思想之发皇，轰轰烈烈，在历史上足以留一重大纪念焉”，“太平天国之战争，为十九世纪东方之第一大战，太平天国之历史，为十九世纪东方第一光荣之历史”。