原因之一：扁平疣的病因主要是通过人类乳头瘤病毒引起的。大多数都是突然出现，一般为针头至米粒大或稍大的扁平丘疹，呈圆形或不规则形，略高于皮肤表面，也可显着地突起而形成圆顶状。

原因之二：由HPV 3,5,8,9,10,28,41,65引起，HPV经直接或间接接触传播到达宿主皮肤和黏膜上皮细胞，通过微小糜烂面的接触而进入细胞内，停留在感染部位的上皮细胞核内复制并转录，但不进入血液循环，不产生病毒血症。

原因之三：扁平疣俗又称为“扁瘊”，是一种病毒性皮肤病，发病原因是由人类乳头状瘤病毒HPV3和HPV5感染引起的皮肤赘生物，好发于青少年，故又称青年扁平疣。扁平疣有一定传染性，有时由于搔抓将病毒接种在邻近皮肤，呈沿抓痕分布的线状排列。